В отличие от предыдущих игр серии, данная игра представляет собой так называемую метроидванию. В начале игры игрок контролирует Микеланджело который должен спасти остальных черепашек, прежде чем игрок сможет использовать их. Каждая черепашка обладает уникальными способностями необходимыми для продвижения по уровню и прохождения игры. Игроку предстоит победить пять боссов.
